Upravljačka struktura

• Evropska Komisija: Donator IPA sredstava (doprinos Zajednice), donosi IPA Uredbe.
• Zajednički odbor za nadzor i upravljanje nadzire i prati sprovođenje Programa i odgovoran je za izbor projekata. Njegovo delovanje reguliše se Poslovnikom (Pravila i procedure) Zajedničkog odbora za nadzor i upravljanje.
• Direktorat snosi ukupnu odgovornost za upravljanje i sprovođenje Programa prema Evropskoj komisiji. Nacionalna agencija za razvoj u Mađarskoj deluje kao Direktorat.
• Nacionalna tela (NT): Kancelarija za evropske integracije Vlade Republike Srbije i Nacionalna agencija za razvoj u Mađarskoj snose odgovornost – između ostalog-za osnivanje sistema kontrole u cilju overavanja rashoda na nacionalnom nivou i za obezbeđivanje nacionalnog kofinansiranja.
• Telo za sertifikaciju: overava izjave o rashodima i zahteve za isplatu pre slanja Evropskoj Komisiji. Direktorat za EU pomoć Mađarskog državnog trezora deluje kao Telo za sertifikaciju.
• Revizorsko telo: telo nezavisno telo od Direktorata i Tela za sertifikaciju, zaduženo za verifikaciju delotvornog funkcionisanja sistema upravljanja i kontrole. Rad Revizorskog tela pomaže Revizorska grupa. Generalni revizorski direktorat za evropske fondove u Mađarskoj deluje kao Revizorsko telo.
• Zajednički tehnički sekretarijat: smešten u okviru VATI Mađarska neprofitna kompanija sa ograničenom odgovornošću za regionalni razvoj i urbanizam (u daljem tekstu VATI) u Budimpešti sa članom (članovima) u VATI Regionalnoj kancelariji u Segedinu, Zajednički tehnički sekretarijat pomaže Direktoratu, Telu za sertifikaciju, Revizorskom telu, Zajedničkom odboru za nadzor i upravljanje i Nacionalnim telima u obavljanju njihovih odgovarajućih dužnosti. Članovi Zajedničkog tehničkog sekretarijata u Segedinu i Informacionog centra koji se nalazi u Subotici, posebno su odgovorni za efikasan razvoj projekata sa obe strane granice, dajući direktnu pomoć potencijalnim podnosiocima predloga projekata.
• Kontrolna tela: smeštena u okviru VATI u Mađarskoj sa regionalnim kancelarijama u Segedinu i Bekeščabi i u okviru Ministarstva finansija Republike Srbije, Kontrolna tela su odgovorna za overavanje rashoda na nacionalnom nivou u skladu sa pravilima Zajednice i nacionalnim pravilima.