Intézményi struktúra

• Európai Bizottság: az IPA támogatást nyújtó donor szervezet (Közösségi támogatás), az IPA források felhasználását szabályozó rendeletek megalkotója.
• Közös Monitoring és Irányító Bizottság: felügyeli és ellenőrzi a program végrehajtását, felel a projektek kiválasztásáért. A bizottság tevékenységeit annak működési szabályzata szerint végzi.
• Irányító Hatóság: az Európai Bizottság előtt felelőssége kiterjed a Program megvalósítására, valamint annak irányítására. Irányító Hatóságként a magyar Nemzeti Fejlesztési Ügynökség működik.
• Igazoló Hatóság: fő feladata, hogy hivatalosan igazolja a kifizetési kérelmeket, mielőtt továbbítja azokat az Európai Bizottsághoz. Igazoló Hatóságként a Magyar Államkincstár, EU Támogatások Igazgatósága működik.
• Ellenőrző Hatóság: szervezetileg független intézmény az Irányító Hatóságtól és az Igazoló Hatóságtól. Elsődleges feladata, hogy igazolja a menedzsment és az ellenőrzés megfelelő működését. Az Ellenőrző Hatóság munkáját segíti az ún. Auditorok Csoportja. Az Ellenőrző Hatóság szerepét a magyar Európai Támogatásokat Auditáló Főigazgatóság (EUTAF) tölti be.
• Közös Technikai Titkárság: A VÁTI Nonprofit Kft.-n (továbbiakban: VÁTI) belül lett létrehozva, Budapesti központtal és a VÁTI Szegedi területi irodán. A Titkárság munkájával az Irányító Hatóság, az Igazoló Hatóság, az Ellenőrző Hatóság, a Közös Monitoring és Irányító Bizottság és a Nemzeti Hatóságok feladatainak elvégzését támogatja. A Közös Technikai Titkárság munkatársai állnak napi kapcsolatban a potenciális pályázókkal, illetve a szerződött projektek Vezető Kedvezményezettjeivel. A Közös Technikai Titkárság szegedi tagja, valamint a titkárság antenna szervezetként működő Információs Pontja Szabadkán különösen jelentős szerepet játszanak a hatékony projektfejlesztésben a határ mindkét oldalán, közvetlen segítséget nyújtva a potenciális pályázók számára.
• Nemzeti Hatóságok: a fenti szervezetek mellett a Szerb Köztársaság Kormányának Európai Integrációs Irodája, valamint a magyar Nemzeti Fejlesztési Ügynökség felelősek – többek között – az ellenőrző rendszer felállításáért, amely nemzeti szinten igazolja a felmerülő költségek érvényességét. A Nemzeti Hatóságok biztosítják a program szintű nemzeti társfinanszírozást is. A Nemzeti Hatóságok felelnek továbbá a szabálytalansági gyanúk kivizsgálásáért, a szabálytalanságok megállapításáért, illetve azok kezeléséért.
• Első szintű ellenőrzés: Magyarországon a VÁTI-n belül kerül kialakításra, annak szegedi és békéscsabai területi irodáin, valamint Szerbiában a Szerb Köztársaság Pénzügyminisztériumán belül. Az Első szintű ellenőrzés felelős a költségek nemzeti szinten történő közvetlen leigazolásáért a Közösségi, valamint a nemzeti szabályoknak megfelelően.